七月，明游击（军官）史儒率兵至平壤，兵败战死。副总兵祖承训率兵三千渡鸭绿江援救，又战败逃还。败报传来，举朝震动，兵部尚书石星无计可施，募无赖嘉兴人沈惟敬往寇军探消息。惟敬贪和成得赏，力助寇军胜利。石星信任惟敬，赏给游击官号，使往来两军间谈和议。
当时朝臣公议“朝鲜是中国的藩篱，势在必争”，主张派大军出援，石星却一意主和，朱翊钧动摇不定，大体偏重主战。十二月，经略宋应昌、征东提督李如松率兵四万分三路趋辽阳。副将李如柏将左路，张世爵将右路，杨元将中路。沈惟敬自寇军归来，说行长愿退至平壤以西，划大同江为界。如松大会将士，叱责惟敬卖国当斩。二十五日，誓师东渡鸭绿江。二十一年正月，进攻平壤，大破日本守军。行长提败兵渡大同江遁还龙山。明军收复黄海、平安、京畿、江源四道，进军距王京七十里。如松误听朝鲜间谍报告，说寇已弃王京逃走，急率轻骑追至碧蹄馆，中伏大战，寇军战败入城，明军精锐丧失极重，退驻开城。三月，如松走间道烧寇龙山积粮，寇乏食，四月十八日，寇弃王京逃遁，宋应昌、李如松整军入城。分路追袭，收复汉江以南千余里。寇军穷促，退保釜山浦，如松调海军分布釜山海口，断寇交通。
主和派兵科给事中侯庆远奏称“我与倭何仇，我为朝鲜出力已多，应速撤回援军，令朝鲜自守国境”。宋应昌奏称“日本图朝鲜，意实在中国，我救朝鲜，不只为属国谋利益，朝鲜安，蓟辽自然无患，京师也就巩固了”。朱翊钧从石星议，留兵三千暂驻朝鲜，余军撤退归国。